Tucidide non è un autore di facile lettura: il carattere speculativo della sua opera trova infatti espressione in una prosa densa e irregolare, con periodi complessi. Le caratteristiche peculiari del suo stile sono un ampio uso di variatio e di antitesi. Tucidide inoltre - contrariamente a Erodoto, che si era preoccupato di esprimersi in modo semplice - indulge all'andamento narrativo.
Altro punto rilevante del suo stile lo troviamo nella contrapposizione tra il "clinico" distacco nei confronti della realtà narrata in taluni passi, e invece un'intima partecipazione emotiva ai fatti descritti in altri. Esempi significativi di ciò sono la descrizione della peste di Atene, nella quale lo storico adotta il primo stile, e il tragico episodio della spedizione ateniese in Sicilia, in cui invece mostra, seppure con la consueta compostezza, tutto il suo rammarico per la drammatica sorte dei soldati compatrioti.
Il suo stile risultava complesso anche per gli antichi commentatori, come Dionigi di Alicarnasso, il quale non condivideva la fama dello storico.