Tucidide nacque ad Atene, si pensa intorno al 460 a.C., dalla nobile famiglia dei Filaidi: il padre era Oloro, del demo attico di Alimunte, imparentato con Cimone, figlio di Milziade. Fervente sostenitore dello statista Pericle, egli ricoprì la carica di stratega della flotta di Atene nella guerra contro Sparta sul mare Egeo settentrionale. Accusato di tradimento per aver fallito la spedizione di soccorso alla battaglia di Anfipoli, Tucidide fu cacciato da Atene (o scelse volontariamente di andarsene), vivendo in esilio in Tracia, dove si crede abbia trascorso 20 anni. Secondo altri rimase in Atene, ma restando escluso dalla vita politica.
Secondo Luciano Canfora, Tucidide non sarebbe stato scacciato, anzi era presente ad Atene nel 411, forse partecipe del tentativo di colpo di Stato oligarchico, e avrebbe assistito al processo contro il suo principale artefice, Antifonte. Quindi, egli avrebbe lasciato Atene e, ritiratosi in Tracia, avrebbe frequentato la corte del re macedone Archelao I a Pella insieme ad altri fuoriusciti come Euripide.
Nei lunghi anni di esilio (oppure di permanenza in incognito ad Atene) Tucidide riordinò i suoi scritti raccogliendoli nella sua articolata e sofferta opera: un insieme di otto libri che compongono la Guerra del Peloponneso, profondo e analitico resoconto cronologico del conflitto che oppose fra il 431 a.C. e il 404 a.C. Sparta ed Atene, le due massime potenze greche, entrambe in competizione per il predominio sulle poleis dell'antica Grecia.